《微生物學報》是以微生物學基礎研究和應用基礎研究以及高技術創新為主的綜合性學術刊物。他反映我國微生物學研究領域中最新成果，促進國內外學術交流，為我國的經濟建設服務。主要報道我國普通微生物學、工業、農業、醫學、獸醫微生物學，病毒學，免疫學和微生物學有關的生物工程等方面的研究論文、研究簡報和小型綜述等。

《微生物學報》對象是國內外從事微生物學研究工作及與微生物學有關的科研管理和教學人員。本刊是國自然科學核心期刊，被國內外著名的文摘刊物和數據庫收錄，是我國最早被世界最大醫學文獻數據庫“MEDIARL”作為醫學主題詞標引的五個中文期刊之一，2001年被遴選為《國家期刊方陣》雙百期刊。該刊發行和交換到40多個國家和地區，多次被評為優秀科技期刊，深受國內外廣大讀者的好評。

《微生物學報》被文摘與引文數據庫、國立醫學圖書館生物醫學檢索系統、《生物學文摘（預評）》、劍橋科學文摘社ProQeust數據庫、北大2008版核心期刊，北大2004版核心期刊收錄。