《水利水運工程學報》（雙月刊）創刊于1979年，由國家水利部主管，南京水利科學研究院主辦，是面向國內外水利、水運工程行業公開發行的學術性刊物，并已加入《中國學術期刊(光盤版)》和“中國期刊網”;(ChinajournalNet).《水利水運工程學報》主要報道水利水電、水運、海洋和土木建筑等工程的規劃、可行性研究、設計、科研、施工、監理和管理等眾多方面的新理論、新技術、新方法和新成果。讀者對象為從事水利、水運工程建設事業的廣大科技工作者及有關院校的師生。

《水利水運工程學報》獲水利部優秀科技期刊。