《上海交通大學學報(醫學版)》原上海第二醫科大學學報為醫藥衛生類綜合性學術期刊，創刊于1958年，月刊。本刊以全面反映本校在科研、醫療、教學和管理等領域中所取得的新成果、新理論、新技術、新經驗，引導科技發展，培養學術人才，增進學術交流為辦刊宗旨，設有專家論壇、論著（基礎研究、臨床研究、預防醫學、衛生事業管理等）、專題報道、綜述、短篇論著、技術與方法、病例報告和信息交流等欄目。主要讀者對象為從事醫療、教學、科研、衛生事業管理等工作的人員。

《上海交通大學學報(醫學版)》以反映上海交通大學的醫藥學科研成果為主，并接收校外來稿。本刊向國內外公開發行，被包括中國自然科學類核心期刊、中國科技論文統計源期刊、中國核心期刊(遴選)數據庫、美國《化學文摘(CA)》、俄羅斯《文摘雜志(AJ)》、美國《劍橋科學文摘(CSA)》等國內外權威檢索系統收錄。

《上海交通大學學報(醫學版)》獲中國科技核心期刊；中國醫學核心期刊；中國期刊方陣“雙效”期刊；中科雙效期刊；Caj-cd規范獲獎期刊。