《首都醫科大學學報》是由北京市教育委員會主管、首都醫科大學主辦的綜合性醫藥衛生類學術期刊。創刊于1980年，曾名為《北京第二醫學院學報》、《首都醫學院學報》，1996年改為現名,雙月刊。

本刊是中文核心期刊、中國科技論文統計源期刊、中國生物醫學核心期刊及中國期刊方陣的"雙效"期刊；并被國內外眾多檢索系統收錄。本刊刊登國內外醫藥衛生領域工作者的優秀科研稿件。主要刊發基礎醫學、臨床醫學、預防醫學、藥學等領域的新成果、新技術、新經驗。設有專家述評、專題報道、論著(基礎研究、臨床研究)、技術方法、病例報告、短篇論著、綜述、學科簡介和名師訪談等欄目。《首都醫科大學學報》讀者對象是國內外廣大生物醫學科技工作者和高等醫學院校師生。

《首都醫科大學學報》獲第三屆中國高校優秀科技期刊獎，中國科技論文在線優秀期刊一等獎，中國北方優秀期刊獎，中文核心期刊(2008)。