《新疆醫科大學學報》原名《新疆醫學院學報》，為新疆醫科大學主辦的醫學綜合性學術期刊。1978年創刊，季刊，2003年改為雙月刊，2005年改為月刊。國內外公開發行，刊號：ISSN 1009-5551，CN 65-1204/R。已被《中文科技期刊數據庫》、《中國生物醫學數據庫》、《美國化學文摘》、《中國核心期刊數據庫》、《中國期刊全文數據庫》、《萬方數據庫》、《中國學術期刊綜合評價數據庫》等權威數據庫和《中國期刊網》全文收錄。

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《新疆醫科大學學報》獲國家教育部優秀科技期刊三等獎、新疆優秀期刊獎。