《南京醫科大學學報-自然科學版》是中國綜合醫藥衛生類核心期刊，2001年進入國家期刊方陣，為國家科技部確定的中國科技論文統計源期刊，是經國家藥監局批準的可發布綜合類處方藥廣告的期刊之一。本刊創辦于1956年，其前身是《蘇醫學報》、《南京醫學院學報》，1996年隨校名更改為《南京醫科大學學報》。

本刊接受全國各醫藥高等院校及醫院教學、醫療、科研人員在基礎醫學、臨床醫學、預防醫學方面的論著、科研簡報、技術方法、經驗交流、短篇報道、病例報告等。凡國家、省基金資助項目或獲獎成果論文，經審稿通過后將優先發表。本刊以促進校內外的學術交流為宗旨，為提高我校的教學、科研水平和人才培養服務，為科教興國、科教興省的戰略決策服務。本刊也歡迎海外校友、學者來稿。

在國際上，《南京醫科大學學報-自然科學版》業已被美國《化學文摘》(CA)、美國《生物學文摘》(BA)、俄羅斯《期刊索引》(AJ)等著名檢索工具收錄。在國內，中國科技論文與引文數據庫、中國科技期刊引證報告、中國科學技術期刊文摘(CSTA)數據庫(英文版)、中國學術期刊(光盤版)全文檢索系統、《中國生物學文摘》、《中國藥學文摘》、《中國醫學文摘》等16種檢索類刊物均將我刊作為主要引用源之一。