《復旦學報（醫學版）》是由中華人民共和國教育部主管、復旦大學主辦的向國內外公開發行的綜合性醫藥衛生類學術性核心期刊。其前身是《上海醫科大學學報》，創刊于1956年6月。主要刊登基礎醫學、臨床醫學、藥學、預防醫學等領域的以原創性研究為主的論文，欄目形式多樣，包括述評、論著、實驗研究報道、臨床經驗交流、方法技術、臨床病理（例）討論、講座、綜述、短篇報道、個案報告等。

本刊被下列國內外權威數據庫收錄：波蘭《哥白尼索引》（Index of Copurnicus，IC）；荷蘭愛思唯爾公司《斯高帕斯數據庫》（Scopus）；美國《烏利希期刊指南》（Ulrich's Periodicals Directory，Ulrich PD）；美國《生物學文摘（預評）》（BIOSIS Previews， BAP）；美國《化學文摘》（Chemical Abstracts， CA）；美國《劍橋科學文摘》（ProQuest CSA）；WHO西太平洋地區醫學索引（The Western Pacific Region Index Medicus，WPRIM）；中國科學引文數據庫（CSCD）核心庫；中國科技論文與引文數據庫；中國期刊全文數據庫；中文科技期刊數據庫；萬方數據資源系統；中文核心期刊要目總覽等。

《復旦學報（醫學版）》2008年第二屆中國高校優秀科技期刊獎；2010年第三屆中國高校精品科技期刊。