《同濟大學學報(醫學版)》（雙月刊）創刊于1980年，本刊是以基礎醫學與臨床醫學研究為主的綜合性醫學學術期刊，國內公開發行。中國科技論文統計源期刊，被重要數據庫和文獻期刊收錄。主要欄目有：實驗研究、調查研究、醫工結合、臨床研究、綜述、技術方法及短篇報道等。

《同濟大學學報(醫學版)》以馬克思列寧主義、毛澤東思想、鄧小平理論和“三個代表”重要理論為指導，貫徹科學發展觀，貫徹黨的教育方針和“百花齊放、百家爭鳴”的方針，主要反映本校的兩個文明建設，刊發學術文章，反映科研成果，指導教學實踐，交流科教學術信息，促進科教學術的繁榮發展。

《同濟大學學報(醫學版)》獲上海市優秀科技期刊；全國高校優秀自然科學學報及教育部優秀科技期刊三等獎；2004年全國高校優秀科技期刊評比中榮獲“優秀編輯出版質量獎”、首屆《中國學術期刊（光盤版）檢索與評價數據規范》執行優秀獎。