《浙江海洋學院學報（自然科學版）》（原《浙江水產學院學報》）創刊于1982年，原為半年刊，1991年起改為季刊，同年被列為水產類中文核心期刊，聯合國《水科學和漁業文摘》數據庫收錄刊物。

《浙江海洋學院學報（自然科學版）》1998年浙江水產學院與舟山師范專科學校聯合成立浙江海洋學院，1999年起改為現刊名，2004年被列為國家科技部“中國科技論文統計源期刊”（中國科技核心期刊）；《中國生物學文摘》和中國生物學文獻數據庫收錄刊物；作為核心期刊收錄于“中國海洋文獻數據庫”及其檢索刊物《海洋文摘》；另據中國科學技術期刊編輯學會國際交流工作委員會，中國高等學校自然科學學報研究會對外聯絡委員會2008年4月14日發布的美國《劍橋科學文摘（自然科學）》2007年收錄中國期刊一覽表，《浙江海洋學院學報》（自然科學版）除了被水科學與漁業文摘(1生物科學與生活資源)、水科學與漁業文摘(水科學與漁業文摘)作為核心期刊收錄外，還曾被《環境科學與污染管理》、《生物科學》、《海洋技術、政策與非生活資源》,《生物科學與生活資源》、《水污染與環境質量》等文摘或數據庫所收錄。學報本著立足浙江，面向全國，為海洋水產事業服務，為地方海洋水產經濟發展服務的辦刊宗旨，主要刊登海洋、水產資源開發與利用，海洋漁業，漁業資源，水產增養殖技術與病害防治，水產品加工與綜合利用，海洋環境保護，海洋與船舶工程，漁業機械與儀器，航海技術及海洋科學與水產科學基礎研究等及與學校專業有關的學術論文、研究簡報、綜述等，在全國及浙江省綜合質量評比中多次獲獎。獲獎情況：1994年浙江高等學校優秀學報評比二等獎；1995年全國高等農業院校學報“三優”評比優秀學報二等獎；1998年第二次全國水產報刊評比優秀報刊二等獎；2003年4月獲首屆《CAJ－CD規范》執行優秀期刊獎。