《合肥工業大學學報（自然科學版）》 是由教育部主管、合肥工業大學主辦的綜合性學術期刊。

《合肥工業大學學報（自然科學版）》主要刊登儀器儀表工程、機械與汽車工程、材料科學與工程、電氣與自動化工程、計算機與信息工程、土木建筑工程、資源與環境工程、建筑與藝術、化學工程、管理、生物與食品工程、應用數學、應用物理、工程力學等學科的最新研究成果、學術論文、學術討論及專題綜述等，本刊主要面向高校師生、科研人員及廣大科技工作者。自科版學報創刊于1956年，2004起改為月刊，逢每月28日出版，每期7個印張。近年來，自然科學版學報連續榮獲安徽省高校優秀學報、安徽省優秀期刊、華東地區優秀期刊和全國高校優秀學報稱號。2001年進入 《中國期刊方陣》雙效期刊行列。該刊是 《中國科學引文數據庫》、《中國學術期刊綜合評價數據庫》來源期刊和《萬方數據--數字化期刊群》、《中國期刊網》 及《中國學術期刊（光盤版）》全文收錄期刊。獲獎情況：1999中國優秀高校自然科學學報；1997華東地區優秀期刊；1998安徽省優秀科技期刊；中國期刊方陣“雙效”期刊；全國中文核心期刊、中國高校自然科學優秀學報二等獎。